Innovatie DNA Waterscan - Genetische Biomonitoring Waterkwaliteit

Gieskes-Strijbis Fonds

Sinds 2011 wordt door BioMon partners onderzoek gedaan naar genetische detectie van macrofauna voor de Habitat Richtlijn (HR) en de Kaderrichtlijn water (KRW). Het onderzoek richt zich zowel op watermonsters (extracellulair DNA) als bulkmonsters (monsters inclusief de organismen). Inhoudelijk werken we samen met onder andere Rijnland, Aquon en de WUR, internationaal binnen het EU COST project DNAqua-Net (zie elders op deze website). 

Activiteiten

  • Ontwikkelen van een complete en betrouwbare DNA bibliotheek van Nederlandse aquatische soorten. Per 1 januari 2019 hebben we van 1.318 soorten in totaal 3.076 DNA barcodes opgeslagen.
  • Ontwikkelen en valideren van genetische methoden voor identificatie van macrofauna en complete leefgemeenschappen. Methoden voor detectie van macrofauna, dansmuggen (chironomidae), diatomeeën, vissen en bacteriën zijn gevalideerd.
  • Onderzoek naar het gebruik van biologische kenmerken van macrofauna voor het bepalen van ecologische waterkwaliteit. Er wordt gewerkt aan invasieve kreeften en EPT soorten.
  • Ontwikkelen van een bioinformatica pijplijn voor verwerking van genetische data en ecologische interpretatie. Deze draait inmiddels op een GALAXY omgeving, bestaande uit open source software.
  • Outreach en educatie. Tot dusver hebben ruim dertig studenten een stage ingevuld. DNA Waterscan heeft aandacht gekregen in diverse landelijk kranten en TV programma's.
  • Valorisatie van producten en diensten. Hiertoe is spin-off BioMon opgericht.

Publicaties

  • Beentjes, K. K., Speksnijder, A. G. C. L., Schilthuizen, M., Schaub, B. E. M., & van der Hoorn, B. B. (2018). The influence of macroinvertebrate abundance on the assessment of freshwater quality in The Netherlands. Metabarcoding and Metagenomics, 2, 1–8.
  • Beentjes, K. K., Speksnijder, A. G. C. L., Schilthuizen, M. & van der Hoorn, B. B. (2019). The effects of spatial and temporal replicate sampling on eDNA metabarcoding. PeerJ. Submitted
  • van Kuijk, T., van der Hoorn, B. B., Biesmeijer, J. C., Verdonschot, P. F. M. (2019). Functional traits and crayfish invasive success in the Netherlands. Submitted.

Kijk voor meer informatie op de website van het Gieskes-Strijbis fonds.

Berry van der Hoorn
Geen afbeelding

Wilt u meer informatie over dit project? Berry vertelt u graag meer.

Berry van der Hoorn Projectleider Marien

berry.vanderhoorn@naturalis.nl
Terug naar overzicht Innovatie